De laatste vier afleveringen van The Clone Wars vinden plaats op hetzelfde moment als Revenge of the Sith, de laatste film van de Star Wars prequel-trilogie. Dit omvat Order 66 en de val van de Jedi Order.
Een onbekend aspect van Star Wars was hoe fanfavoriet Ahsoka Tano Order 66 overleefde. De laatste twee afleveringen van de serie laten zien hoe Ahsoka ontsnapte.
Verbrijzeld
In de negende en tiende aflevering van het seizoen zette Darth Maul een val met de bedoeling Anakin Skywalker te vermoorden voordat Darth Sidious hem naar de duistere kant kon brengen. Anakin was echter bezig met het redden van kanselier Palpatine van generaal Grievous, zoals afgebeeld in de openingsscène van Revenge of the Sith. Dus confronteerde Ahsoka Maul in plaats daarvan. De tiende aflevering eindigt met de gevangenneming van Maul.
Serieshowrunner Dave Filoni vertelde Entertainment Weekly: "Iets wat ik al heel lang wilde doen, is dat het einde van Clone Wars dit samenvallende verhaal is dat kadert waar sommige van deze mensen die er niet bij waren de films zijn. Omdat ik denk dat alleen dat een geldige vraag is: waar waren deze jongens? Ahsoka leek alsof ze belangrijk was, dus werd ze uitgenodigd om lid te worden van de Sith? Waar was Rex? Ik had het gevoel dat dat een antwoord nodig had, want ze waren, na zoveel afleveringen en verhalen, duidelijk zo'n groot deel van het leven van Anakin en Obi-Wan."
In de elfde aflevering, getiteld 'Shattered', probeert Ahsoka Maul naar Coruscant te brengen met een klooncommandant genaamd Rex en een bataljon kloontroopers. Er komen meer links naar Revenge of the Sith voor. Een scène uit de film wordt nagebootst; in de scène bespreken Mace Windu en Yoda Palpatine en het verwijderen van hem uit zijn ambt na de nederlaag van generaal Grievous met andere Jedi-raadsleden. De scène wordt uitgebreid met een volgende discussie met Ahsoka.
Terwijl ze nog steeds door de ruimte reizen, voelen Ahsoka en Maul allebei de val van Ahsoka's voormalige meester. De daadwerkelijke dialoogopname van Revenge of the Sith met Hayden Christensen, Samuel L. Jackson en Ian McDiarmid als hun respectieve personages die over de scène spelen.
Na Anakin's beurt activeert Sidious Order 66. In elke clone trooper werden remmerchips geplaatst. Wanneer Order 66 wordt uitgeroepen, worden ze gedwongen om elke Jedi tegen hun eigen wil te doden. Zodra het bevel is gegeven, vallen Rex en zijn klonen Ahsoka aan.
Overwinning en dood
Nu de vrije wil van Rex is hersteld, proberen de twee te ontsnappen aan de kruiser van de Republiek in de seriefinale getiteld 'Victory and Death'. Dit wordt nog gecompliceerder door Maul die de hyperdrive van het schip vernietigt. Dit maakt de kruiser vrijwel onbruikbaar omdat hij wordt voortgetrokken door de zwaartekracht van een maan.
Terwijl de kruiser naar het oppervlak van de maan vaart, ontsnapt Maul met behulp van een shuttle vermoedelijk naar de Outer Rim, waar hij bekend wordt als Crimson Dawn, zoals te zien is in Solo: A Star Wars Story.
Rex en Ahsoka gebruiken een Y-vleugel om veilig op het oppervlak van de maan te landen terwijl de kruiser neerstort en alle klonen aan boord doodt. De twee begraven hun gevallen kameraden en Ahsoka laat haar lichtsabel achter bij het graf.
De aflevering eindigt met een bataljon stormtroepers die de crashlocatie inspecteren die nu bedekt is met sneeuw. Darth Vader is bij hen. Vader vindt Ahsoka's lichtzwaard; degene die hij haar had geschonken in "Old Friends Not Forgotten", de negende aflevering van het laatste seizoen.
Filoni vertelde ABC News: "Ik hoop dat fans zeer tevreden vertrekken vanaf één niveau, en ik hoop dat ze vertrekken met een groter begrip, vooral van Jedi en de kracht en wat het allemaal betekent in dit verhaal. Het gaat echt om de tekens op het einde."
Na de kloonoorlogen
Ahsoka's verhaal gaat verder na de serie. De roman Ahsoka, geschreven door E. K. Johnston, volgt Ahsoka's reis een jaar na Order 66 en vertelt hoe ze Bail Organa, de geadopteerde vader van Leia, ontmoette en zich bij de opstand aansloot.
Ahsoka verschijnt in de eerste twee seizoenen van Star Wars Rebels, dat 14 jaar na The Clone Wars plaatsvindt als een rebellenagent. Tijdens het tweede seizoen ontdekt Ahsoka de waarheid dat haar voormalige meester, Anakin Skywalker, Darth Vader is. De twee vechten en het lot van Ahsoka bleef onduidelijk. In seizoen vier werd echter onthuld dat Ahsoka werd gered door Ezra, het hoofdpersonage van de serie. Ahsoka leeft om het einde van het rijk te zien.
Ahsoka had een stem cameo in The Rise of Skywalker en het gerucht gaat dat hij in het tweede seizoen van The Mandalorian zal verschijnen.
